Birim ve Merkezler

İstanbul Üniversitesi Diyabet Uygulama ve Araştırma Merkezi (DİYAM)


Diyabet, hızlandırılmış ateroskleroza neden olan vasküler sistem hastalığıdır. Bu nedenle hemen tüm sistemlerde (kardiyovasküler sistem, renal sistem, oftalmolojik sistem, nörolojik sistem v.b.) bozukluğa neden olan bir multisistem hastalığıdır. Koroner kalp hastalıkları ve nörolojik hastalıkların bir numaralı hazırlayıcı nedenidir. Hemodiyalize giren her iki hastadan bir tanesi diyabetlidir. Avrupa’da yirmi yaş üstü körlük nedenleri arasında birinci sıradadır. Bu nedenle diyabet tıpta hemen tüm disiplinleri doğrudan ilgilendiren bir toplumsal sağlık sorunudur.

Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsünde Langerhans Adacık İzolasyon ve Transplantasyon çalışmalarının yürütüldüğü Metabolizma ve Diabet Araştırma ve Uygulama Birimi bulunmaktadır.

Ancak, diyabetle ilgili halen faaliyet gösteren herhangi bir Kök Hücre Araştırma ve Geliştirme, Moleküler ve Biyokimyasal Araştırmalar, İmmüno-Genetik Araştırma ve Deneysel Diyabetik Modeller Geliştirme bölümü bulunmamaktadır.

Bu nedenle, ülkemizde ciddi sağlık sorunu olan diyabetin, diyabete bağlı organ hasarlarını kontrol altına almak amacıyla moleküler ve genetik düzeyde çalışma ve araştırmalar yapmak, yeni tedavi programlarını yaşama geçirmek, Langerhans adacık transplantasyonu ve kök hücre çalışmalarını yürütmek; bu prensipler doğrultusunda konu ile ilgili tüm bilim alanlarını bir araya getirerek “Diyabet” konusunda gerek klinik gerekse temel bilimler alanında yapılan araştırmaların ve uygulamaların koordineli olarak yürütüldüğü, çok disiplinli bir mükemmeliyet merkezi oluşturmak ve geliştirilmesine katkıda bulunmak, araştırma projeleri oluşturmak ve hayata geçirmek için DETAE binasında doğrudan İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı Diyabet Uygulama ve Araştırma Merkezi (DİYAM) kurulmuştur.

Merkezin kuruluşunda temel katkısı olan Metabolizma ve Diabet Araştırma ve Uygulama Birimi’nde gerekli tüm alt yapıya sahip bir araştırma laboratuvarı (Temiz Oda) bulunmaktadır.

1990’lı yıllardan beri birçok kurs düzenleyerek deney hayvanlarından deneysel adacık izolasyon ve transplantasyon çalışmalarına öncülük etmiş olan kurumumuz, Türkiye’de insan pankreaslarından Langerhans adacık izolasyonları gerçekleştiren ilk kuruluş olma özelliğini taşımaktadır.

Merkezin faaliyet alanları aşağıda sıralanmıştır:

a- Diyabet alanında ulusal ve uluslararası kuruluşlarla her türlü bilimsel işbirliği, araştırma ve faaliyeti yürütebilecek bir genel alan oluşturmak; üniversitemizde konu ile uğraşan tüm birimleri kapsayan multidisipliner koordinasyon ve ortak çalışma disiplinini geliştirmek,

b- Diyabet alanında ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma projelerine organize bir çerçevede devam etmek ve saygın projeler üretmek, yürütmek, SCI (Science Citation Index) kapsamında yer alan dergilerde bilimsel yayınlara dönüştürmek, çeşitli bilimsel toplantılar düzenlemek, diyabet konusunda klinik ve temel bilimler alanında diğer özel ve kamu kurumlarıyla yönetim kurulunun kararları doğrultusunda nitelikli çalışmalar yapmak, çalışmalara partner olarak katılmak,

c- Deneysel ve klinik Langerhans adacık izolasyonu, kültürü ve transplantasyonu ile ilgili çalışmalar yapmak ve bu programı yaşama geçirmek,

d- Diyabetin radikal tedavisi amacıyla kök hücre laboratuvarı kurmak ve çalışmaları yürütmek,

e- Çok disiplinli bir mükemmeliyet merkezi için Uluslararası Diyabet Federasyonu (International Diabetes Federation-IDF), Uluslararası Pankreas ve Adacık Transplant Derneği (International Pancreas and Islet Transplant Association-IPITA), Avrupa Diyabet Derneği (European Association for the Study of Diabetes-EASD), EASD’nin Çalışma Gurubu (Artificial Insulin Delivery Pancreas and Islet Transplantation-AIDPIT) ile AIDPIT’un Çalışma Gurubu (European Diabetes Technology and Transplantation-EuDTT), Avrupa Organ Transplantasyon Derneği (European Society for Organ Transplantation-ESOT), Avrupa Pankreas ve Adacık Transplant Derneği (European Pancreas and Islet Transplant Association-EPITA) ve Avrupa Transplant Koordinatörleri Organizasyonu (European Transplant Coordinators Organisation-ETCO)’nun koşul olarak öne sürdüğü şartları tamamlamak ve diyabet alanında bu önemli kuruluşların mükemmeliyet merkezleri arasında yer almak, son teknolojik araç ve gerecin merkezimize kazandırılması için projelerden girdileri sağlamak,

f- Bu çalışmalara destek olmak üzere beta hücresi ve diğer Langerhans hücreleri ile ilgili moleküler ve biyokimyasal araştırma ve çalışmalar yapmak,

g- Tip 1 Diyabet immünogenetik etyopatogenezi araştırmak üzere beta hücre immünolojisi ve genetiği üzerine çalışmalar yapmak, projeler oluşturmak,

h- Deneysel diyabet modelleri geliştirmek üzere gerekli hayvan modelleri oluşturmak, bu modelleri standardize etmek ve bilimsel çalışmalar yürütmek,

i- Bu merkez bünyesinde çalışma alanları içinde ülkemizdeki tüm bu alanda çalışan kuruluşlara mezuniyet sonrası (post-graduel) bilimsel toplantılar düzenlemek, kurslar sağlamak.

DİYAM 2014 Faaliyetleri

 

PROJELER

01.02.2014-01.02.2017 arasında yürütülmek üzere TÜBİTAK proje çalışmalarına başlanmıştır:

Proje no: 113S029

Proje başlığı: Tip 1 diyabetin rejeneratif tedavisi: pankreatik beta-hücre prolifersyonuna yönelik yeni teknolojisi geliştirilmesi TÜBİTAK (INTEN-C) Projesi

Nisan ayında Giessen’de proje başlangıç toplantısı yapılmıştır.

Temmuz ayında Giessen’e öğrenci gönderilmiştir.

Her ay Giessen grubu ile Skype’den görüşme yapılmış, bilgi ve faaliyet paylaşımında bulunulmuştur. Bu sürecin proje bitimine kadar sürdürlmesine karar verilmiştir.

T.C. Sağlık Bakanlığı’nın izni çerçevesinde uygun kadavra donörlerden pankreas temin edilip immünolojik çalışmalar ve adacık izolasyonları yapılmış, proje çalışmalarının 1. dönem raporu TÜBİTAK’a sunulmuştur.

BİLİMSEL TOPLANTILAR

DETAE’de düzenlenen Deney Hayvanları Kullanım Kursları’nda kursiyerlere “Langerhans Adacık İzolasyon ve Transplantasyon Teknikleri” konusunda eğitim verilmiştir.
6. DETAE Günleri etkinliği çerçevesinde “Diyabette Organ ve Doku Transplantasyonu” başlıklı sunum yapılmıştır.
Türkiye Diyabet Vakfı ve Türk Diyabet Cemiyetinin birlikte düzenledikleri 50. Ulusal Diyabet Kongresi’nde, Türkiye Diyabet Vakfı / Sanofi Aventis işbirliği çerçevesinde verilen Bilimsel Proje Destek Ödüllerinde DETAE Moleküler Tıp Anabilim Dalı ile birlikte yürütülecek olan “Tip 1 Diyabet ve Pankreatik Kanser İlişkisindeki Biyobelirteçler: Aday Gen ve miRNA’lar” başlıklı projede birincilik ödülü alınmıştır.

YAYINLAR

  Ali Osman Gürol. Diyabette Organ ve Doku Transplantasyonu. 6. DETAE Günleri Kongre Kitabı, s 6.
Ali Osman Gurol . An immunologic approach to the pathogenesis of type 1 diabetes. Global J Pathol Microbiol 2014; 2: 47-52
Suzergoz, S. Cinar, R. Oktay, F. Karakus, A.O. Gurol. Effect of the Achillea wilhelmsii extract intake upon blood lipid profile, haematologic and immunologic parameters in the rat. Food Agric Immunol 2015; 26: 46-59.
 

İletişim:

E-posta: diyam@istanbul.edu.tr

Telefon : 0212 / 414 20 00 (dah: 33370)

Faks : 0212 / 532 41 71

Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

İnsan Genom Projesiyle insan genomu tahmin edilenden daha az gene sahip olduğu anlaşılmıştır. Bu sonuç, Bilim insanlarını, insan genomundaki protein kodlamayan bölgelerdeki dizilerle protein kodlayan dizilerdeki somatik varyasyonların ve de bunların genom üzerine etkilerinin araştırılmasına yönlendirmiştir. Klasik dizileme yöntemleriyle bunları yapmak hem çok maliyetli hem de çok zaman alıcıdır. Bu sebeple pyrosequencing temelli derinlemesine dizileme yöntemi geliştirilmiştir. Yeni nesil dizileme klasik dizilemeden farklı olup bir bölgenin eşzamanlı birden fazla derinlemesine dizilemesidir. Bu sayede klasik dizileme yöntemlerinde belirleyemediğimiz düşük yüzdeli farklı dizileri belirlemek mümkündür. Bu yöntem sayesinde bir canlının genomu tamamıyla kısa sürede ve daha ucuza dizilenebilmektedir. Bu yöntemle metagenomik, trankriptom, farklı organizmaların genomu gibi hayli karmaşık çalışmaların yanı sıra ekzom dizileme, mitokondriyal DNA’nın dizilenmesi gibi çalışmaların yapılması mümkündür. Ayrıca yeni nesil dizileme ile genetik/epigenetik düzenleyici ağların, kromatin yapısı, nükleer yapılanma ve genom varyasyonları hakkında bilgi edinmek mümkün olmuştur.

İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Tüm Genom Laboratuvarı 2009 yılından beri faaliyet göstermektedir. İlk yıllarda GS FLX 454 cihazı ile çalışmaya başlayan ünitemizde bir dönem proje kapsamında gelen İon Torrent cihazı ile çalışmalara devam edilmiştir.

Bu gün ise laboratuvarımızda proje kapsamında gelen İllumina Miseq cihazı ile yeni nesil dizileme çalışmaları sürdürülmektedir.

Bu iki cihazla Mikrobiyal metagenomiks (kefir), transkriptom (Multiple miyolema hastalığı), bekteri (Halomonas) ve virüs (Hepatit B), mitokondriyal DNA (Konjenital kalp defektli olgular ve vb.) dizilenmesi gibi çeşitli teknikler ile (shot gun, amplikon gibi) bir çok proje çalışılmıştır.


Platformlar

GS FLX 454

GS FLX Junior

İllumina Miseq


Not: 2016 yılının ortalarına doğru Roche firmasına ait olan FLX cihazlarının üretimi durdurulacağından ötürü tüm genom dizi analizi çalışmaları İllumina Miseq platformu ile devam etmektedir.


Uygulama & Araştırma

Hedeflenen Yeniden Dizileme (Amplikon, Hibrid Yakalama, 16S Metagenomiks)

Küçük Genomların Dizilenmesi ( Denovo, Yeniden dizileme , Plazmid )

RNA Dizileme (Küçük RNA’ların dizilenmesi, Mikrobiyal RNA Dizileme)

CHIP  Dizileme


Projeler

BRCA1 ve BRCA2 genleri dizilenmesi (Multiplicom Kit )

Primer İmmün Yetersizliklerde Genetik Alt Yapının Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile Belirlenmesi- Sinem Fırtına

BAP proje no: 52575


Yayınlar

2009’dan günümüze kadar İ.Ü.DETAE Genetik AD’den çıkan tüm genom dizileme sistemlerinin kullanıldığı uluslararası (SCI ve SCI expanded kapsamında) yayınlar;

1- Abaci N, Arıkan M, Tansel T, Sahin N, Cakiris A, Pacal F, Sırma Ekmekci S, Gök E, Ustek D. Mitochondrial mutations in patients with congenital heart defects by next generation sequencing technology.  Cardiol Young. 2014 Jun 10:1-7. [Epub ahead of print]

2- Nalbantoglu U, Cakar A, Dogan H, Abaci N, Ustek D, Sayood K, Can H. Food Microbiol. Metagenomic analysis of the microbial community in kefir grains. 2014 Aug;41:42-51. doi:10.1016/j.fm.2014.01.014. Epub 2014 Feb 1.

3- Ciftci S, Keskin F, Cakiris A, Akyuz F, Pinarbasi B, Abaci N, Dincer E, Badur S, Kaymakoglu S, Ustek D. Analysis of potential antiviral resistance mutation profiles within the HBV reverse transcriptase in untreated chronic hepatitis B patients using an ultra-deep pyrosequencing method. Diagn Microbiol Infect Dis. 2014 May;79(1):25-30. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2014.01.005. Epub 2014 Jan 14.

4- Gurses C, Azakli H, Alptekin A, Cakiris A, Abaci N, Arikan M, Kursun O, Gokyigit A, Ustek D. Mitochondrial DNA profiling via genomic analysis in mesial temporal lobe epilepsy patients with hippocampal sclerosis. Gene. 2014 Apr 1;538(2):323-7. doi: 10.1016/j.gene.2014.01.030. Epub 2014 Jan 16.

5- Mese S, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Gumus E, Kursun O, Onel D, Ustek D, Kaymakoglu S, Badur S, Yenen OS, Bozkaya E. Role of the line probe assay INNO-LiPA HBV DR and ultradeep pyrosequencing in detecting resistance mutations to nucleoside/nucleotide analogues in viral samples isolated from chronic hepatitis B patients. J Gen Virol. 2013 Dec;94(Pt 12):2729-38. doi: 10.1099/vir.0.053041-0. Epub 2013 Sep

6- Tansel T, Paçal F, Ustek D  A novel ATP8 gene mutation in an infant with tetralogy of Fallot Cardiol Young. 2014 Jun;24(3):531-3. doi: 10.1017/S1047951113000668. Epub 2013 Jun 5.

7- Azakli H, Gurses C, Arikan M, Aydoseli A, Aras Y, Sencer A, Gokyigit A, Bilgic B, Ustek D. Whole mitochondrial DNA variations in hippocampal surgical specimens and blood samples with high-throughput sequencing: a case of mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis. Gene. 2013 Oct 15;529(1):190-4. doi: 10.1016/j.gene.2013.06.077. Epub 2013 Jul 18

8- Cosan F, Emrence Z, Erbag G, Azakli H, Yilmazer B, Yazici A, Ekmekci SS, Abaci N, Ustek D, Cefle A. The association of TNFRSF1A gene and MEFV gene mutations with adult onset Still’s disease. Rheumatol Int. 2013 Jul;33(7):1675-80. doi: 10.1007/s00296-012-2609-8. Epub 2012 Dec 27

9- Gezer U, Ustek D, Yörüker EE, Cakiris A, Abaci N, Leszinski G, Dalay N, Holdenrieder S. Characterization of H3K9me3- and H4K20me3-associated circulating nucleosomal DNA by high-throughput sequencing in colorectal cancer. Tumour Biol. 2013 Feb;34(1):329-36. doi: 10.1007/s13277-012-0554-5. Epub 2012 Oct 20.

10- Ustek D, Sirma S, Gumus E, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Mathew J, Emrence Z, Azakli H, Cosan F, Cakar A, Parlak M, Kursun O. A genome-wide analysis of lentivector integration sites using targeted sequence capture and next generation sequencing technology. Infect Genet Evol. 2012 Oct;12(7):1349-54. doi: 10.1016/j.meegid.2012.05.001. Epub 2012 May 14.

11- Sogutcu E, Emrence Z, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Öner ET, Ustek D, Arga KY. Draft genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6T. J Bacteriol. 2012 Oct;194(20):5690-1.

12- Kara B, Arıkan M, Maraş H, Abacı N, Cakıris A, Ustek D. Whole mitochondrial genome analysis of a family with NARP/MILS caused by m.8993T>C mutation in the MT-ATP6 gene. Mol Genet Metab. 2012 Nov;107(3):389-93. doi: 10.1016/j.ymgme.2012.06.013. Epub 2012 Jul 10.

Ulusal hakemli dergilerdeki yayınlar;

1- Ustek D, Abaci N, Sirma S, Cakiris A. Yeni Nesil DNA Dizileme (New Generation DNA Sequencing).Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, 1(1):11-18, 2011

2- Arıkan M, Çakiris A, Emrence Z, Çakar A, Paçal F, Abaci N, Sırma S, Üstek D. Hücre hatlarını oluşturmakta kulllanılan plazmidlerin integrasyon bölgelerinin tanımlanması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi Cilt: 2, Sayı:3 (2012)Sayfa: 11-15


İletişim

Birim Sorumlusu:

Doç. Dr. Neslihan ABACI

neslihan.abaci@istanbul.edu.tr

Sorumlu Yardımcısı:

Dr. Aris ÇAKİRİS

acakiris@istanbul.edu.tr 

Tel: 0212 4142000-33316

Detaylı bilgi için web adresi : http://www.istanbul.edu.tr/ngslab



Moleküler Tüberküloz Epidemiyolojisi Laboratuvarı

Tüberküloz Moleküler Epidemiyolojisi Laboratuvarı, öncelikli olarak İstanbul ve çevresinde tüberküloza neden olan suşların moleküler yöntemlerle (24-loci MIRU-VNTR typing ve spoligotyping) DNA parmakizlerini saptayarak bölgedeki bulaş dinamiklerini belirleme çalışmaları yapmaktadır. Moleküler epidemiyoloji yanında, moleküler mikobakteriyolojinin diğer konularında da araştırma çalışmaları devam etmektedir.ESAT6 ve CFP10 antijenleriyle uyarılmış tam kan örneklerinde IP10 düzeylerini belirleyerek latent TB tanısı yapan bir IG(P)RA testi Laboratuvarımızda geliştirilmiş olup, 3 yıldan uzun bir süredir rutin olarak kullanılmaktadır. Benzer şekilde, moleküler identifikasyon konusunda da araştırmalar sürmektedir. Bu çalışmalardan birinde, İtalyan ve İranlı çalışmacılarla birlikte yeni bir mikobakteri türü “Mycobacterium celeriflavum sp. nov” ilk olarak tanımlanmış ve isimlendirilmiştir.Laboratuvarımızda ayrıca iki yeni mikobakteri türü daha saptanmış olup ileri çalışmalar devam etmektedir.  İlaçlara hızlı direnç (RIF, INH, OFX, vb) ve hızlı identifikasyonu aynı anda yapabilen kitlerin geliştirlmesi Laboratuvarımızın ilgi alanı içindedir. Bilimsel çalışmaların yanında, Laboratuvarımız İstanbul Verem Savaşı Derneği ve İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü arasında 17 Şubat 2010 tarihinde imzalanan bir protokolle “İstanbul Verem Savaşı Derneği Üst Seviye Laboratuvarı” olarak hizmet vermekte ve bu şekilde tanı amaçlı hizmetleri de rutin olarak vermektedir.



Laboratuvarımızın Araştırma Altyapısı

Laboratuvarımız bilimsel araştırmaların ihtiyaç duyduğu çok farklı teknolojileri barındırmaktadır. Laboratuvarımızın değişik bölümlerinde, yayma incelemesinde kullanılan Işık/floresan mikroskobundan, DNA fragman analizi ve dizi analizinde kullanılan kapiller elektroforez ve dizi analizi cihazına kadar birçok teknik ekipman mevcuttur.


İşbirlikleri ve Projeler

Yeni mikobakteri türlerinin tanımlanması – Emerging Bacterial Pathogens Unit, San Raffaele Scientific Institute, Milano, Italya ile ortak çalışma, Pekin genotipi tüberküloz suşlarının ülkemizde saptanması ve bölge insan populasyonlarına adaptasyonu – Laboratory of Molecular Microbiology, St Petersburg Pasteur Institute, St Petersburg, Rusya, ile ortak çalışma, Mycobacterium caprae’ni genotipik çeşitliliği ve insanda oluşturduğu hastalığın özellikleri – AGES, Oesterreichische Agentur für Gesundheit und Ernaehrungssicherheit GmbH, Viyana, Avusturya ile ortak projeler yürütülmektedir.


Laboratuvar sorumlusu ve iletişim bilgileri

Doç. Dr. O. Kaya Köksalan

Tel: 0212 4142000 -33345

e-mail: okoksalan@istanbul.edu.tr


Tanı prosedürleri:

  • Majör ve minör ilaç diren test yöntemlerinin karşılaştırılması
  • LPA yöntemine alternatif hızlı moleküler RIF/INH direnç testlerinin kullanıma alınması
  • İlaç direnç testlerinde MGIT960 cihazının doğruluğu

 

Epidemiyolojik çalışmalar:

  • İstanbul Verem Savaş Dispanserlerinde ve DETAE’de kültür pozitif bulunan tüm M. tuberculosis suşları
  • LAM7 ve Pekin genotiplerinin yıllar içindeki dağılımı
  • İstanbul’da kontrol programı değerlendirmesi

 

Diğer çalışmalar

  • Yeni tanımlanmış türlerin hsp65 PCRREA yöntemiyle identifikasyonu




  • Istanbul Universitesi Bilimsel Araştırma Proje Birimi
  • TUBİTAK




Mikroskopi:

Aside dirençli basillerin Ziehl-Neelsen-, Kinyoun-, ve Auramin-boyama yöntemleriyle hızlı tanısı

 

Kültür:

Tüm klinik örneklerden sıvı (MGIT 960)  ve katı (Löwenstein-Jensen, Middlebrook 7H10)  besiyerleri kullanılarak mikobakteri kültürü yapılır, inkübasyon süresi altı haftadır.

 

Mikobakteri türü düzeyinde isimlendirme ve ayrım:

Mikobakterilerin tür düzeyinde ayrımı katı veya sıvı besiyerinde üremiş izolatlara yapılmaktadır. Kullanılan yöntemler hsp65 PCRREA, spesifik gen bölgelerinin (16S rDNA, ITS, hsp65) dizi analizi ve spoligotyping’dir. Laboratuvarımızda sadece extrapulmoner yayma(+) örnekler direkt olarak  identifikasyona alınır, aksi takdirde direkt örneklerden identifikasyon testi yapılmamaktadır

 

 

Susceptibilty testing of first- and second line drugs:

İlaç direnç testi  MGIT 960 sistemi ve microbroth MIC dilution assay kullanılarak yapılmaktadır.
Hızlı moleküler RIF/INH direnç testleri microbead hybridization assay ve/veya LPA ile yapılmaktadır.

 

Epidemiological techniques:

Laboratuvar içi kros-kontaminasyonların saptanması için her üreyen suşa spoligotyping yapılmaktadır. Bulaşların konfirmasyonu amacıyla spoligotyping ve MIRU-VNTR analizi birlikte kullanılmaktadır.









Doç Dr Orhan Kaya Köksalan

Tel:0212 4142000/33345

Fax:0212 5324171

E-mail: okkoksalan@hotmail.com

okoksalan@istanbul.edu.tr

Güneş Cengiz

Tel:0212 4142000/33346-8

Fax:0212 5324171

E-mail: guneszanlier80@hotmail.com

Yasemin Karagöz

Tel:0212 4142000/33346-8

Fax:0212 5324171

jasmine_karagoz@hotmail.com