Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

 

Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

İnsan Genom Projesiyle insan genomu tahmin edilenden daha az gene sahip olduğu anlaşılmıştır. Bu sonuç, Bilim insanlarını, insan genomundaki protein kodlamayan bölgelerdeki dizilerle protein kodlayan dizilerdeki somatik varyasyonların ve de bunların genom üzerine etkilerinin araştırılmasına yönlendirmiştir. Klasik dizileme yöntemleriyle bunları yapmak hem çok maliyetli hem de çok zaman alıcıdır. Bu sebeple pyrosequencing temelli derinlemesine dizileme yöntemi geliştirilmiştir. Yeni nesil dizileme klasik dizilemeden farklı olup bir bölgenin eşzamanlı birden fazla derinlemesine dizilemesidir. Bu sayede klasik dizileme yöntemlerinde belirleyemediğimiz düşük yüzdeli farklı dizileri belirlemek mümkündür. Bu yöntem sayesinde bir canlının genomu tamamıyla kısa sürede ve daha ucuza dizilenebilmektedir. Bu yöntemle metagenomik, trankriptom, farklı organizmaların genomu gibi hayli karmaşık çalışmaların yanı sıra ekzom dizileme, mitokondriyal DNA’nın dizilenmesi gibi çalışmaların yapılması mümkündür. Ayrıca yeni nesil dizileme ile genetik/epigenetik düzenleyici ağların, kromatin yapısı, nükleer yapılanma ve genom varyasyonları hakkında bilgi edinmek mümkün olmuştur.

İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Tüm Genom Laboratuvarı 2009 yılından beri faaliyet göstermektedir. İlk yıllarda GS FLX 454 cihazı ile çalışmaya başlayan ünitemizde bir dönem proje kapsamında gelen İon Torrent cihazı ile çalışmalara devam edilmiştir.

Bu gün ise laboratuvarımızda proje kapsamında gelen İllumina Miseq cihazı ile yeni nesil dizileme çalışmaları sürdürülmektedir.

Bu iki cihazla Mikrobiyal metagenomiks (kefir), transkriptom (Multiple miyolema hastalığı), bekteri (Halomonas) ve virüs (Hepatit B), mitokondriyal DNA (Konjenital kalp defektli olgular ve vb.) dizilenmesi gibi çeşitli teknikler ile (shot gun, amplikon gibi) bir çok proje çalışılmıştır.

Platformlar

  • GS FLX 454
  • GS FLX Junior
  • İllumina Miseq

Not: 2016 yılının ortalarına doğru Roche firmasına ait olan FLX cihazlarının üretimi durdurulacağından ötürü tüm genom dizi analizi çalışmaları İllumina Miseq platformu ile devam etmektedir.

Uygulama & Araştırma

Hedeflenen Yeniden Dizileme (Amplikon, Hibrid Yakalama, 16S Metagenomiks)

Küçük Genomların Dizilenmesi ( Denovo, Yeniden dizileme , Plazmid )

RNA Dizileme (Küçük RNA’ların dizilenmesi, Mikrobiyal RNA Dizileme)

CHIP  Dizileme

Projeler

BRCA1 ve BRCA2 genleri dizilenmesi (Multiplicom Kit )

Primer İmmün Yetersizliklerde Genetik Alt Yapının Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile Belirlenmesi- Sinem Fırtına

BAP proje no: 52575

Yayınlar

2009’dan günümüze kadar İ.Ü.DETAE Genetik AD’den çıkan tüm genom dizileme sistemlerinin kullanıldığı uluslararası (SCI ve SCI expanded kapsamında) yayınlar;

1- Abaci N, Arıkan M, Tansel T, Sahin N, Cakiris A, Pacal F, Sırma Ekmekci S, Gök E, Ustek D. Mitochondrial mutations in patients with congenital heart defects by next generation sequencing technology.  Cardiol Young. 2014 Jun 10:1-7. [Epub ahead of print]

2- Nalbantoglu U, Cakar A, Dogan H, Abaci N, Ustek D, Sayood K, Can H. Food Microbiol. Metagenomic analysis of the microbial community in kefir grains. 2014 Aug;41:42-51. doi:10.1016/j.fm.2014.01.014. Epub 2014 Feb 1.

3- Ciftci S, Keskin F, Cakiris A, Akyuz F, Pinarbasi B, Abaci N, Dincer E, Badur S, Kaymakoglu S, Ustek D. Analysis of potential antiviral resistance mutation profiles within the HBV reverse transcriptase in untreated chronic hepatitis B patients using an ultra-deep pyrosequencing method. Diagn Microbiol Infect Dis. 2014 May;79(1):25-30. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2014.01.005. Epub 2014 Jan 14.

4- Gurses C, Azakli H, Alptekin A, Cakiris A, Abaci N, Arikan M, Kursun O, Gokyigit A, Ustek D. Mitochondrial DNA profiling via genomic analysis in mesial temporal lobe epilepsy patients with hippocampal sclerosis. Gene. 2014 Apr 1;538(2):323-7. doi: 10.1016/j.gene.2014.01.030. Epub 2014 Jan 16.

5- Mese S, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Gumus E, Kursun O, Onel D, Ustek D, Kaymakoglu S, Badur S, Yenen OS, Bozkaya E. Role of the line probe assay INNO-LiPA HBV DR and ultradeep pyrosequencing in detecting resistance mutations to nucleoside/nucleotide analogues in viral samples isolated from chronic hepatitis B patients. J Gen Virol. 2013 Dec;94(Pt 12):2729-38. doi: 10.1099/vir.0.053041-0. Epub 2013 Sep

6- Tansel T, Paçal F, Ustek D  A novel ATP8 gene mutation in an infant with tetralogy of Fallot Cardiol Young. 2014 Jun;24(3):531-3. doi: 10.1017/S1047951113000668. Epub 2013 Jun 5.

7- Azakli H, Gurses C, Arikan M, Aydoseli A, Aras Y, Sencer A, Gokyigit A, Bilgic B, Ustek D. Whole mitochondrial DNA variations in hippocampal surgical specimens and blood samples with high-throughput sequencing: a case of mesial temporal lobe epilepsy with hippocampal sclerosis. Gene. 2013 Oct 15;529(1):190-4. doi: 10.1016/j.gene.2013.06.077. Epub 2013 Jul 18

8- Cosan F, Emrence Z, Erbag G, Azakli H, Yilmazer B, Yazici A, Ekmekci SS, Abaci N, Ustek D, Cefle A. The association of TNFRSF1A gene and MEFV gene mutations with adult onset Still’s disease. Rheumatol Int. 2013 Jul;33(7):1675-80. doi: 10.1007/s00296-012-2609-8. Epub 2012 Dec 27

9- Gezer U, Ustek D, Yörüker EE, Cakiris A, Abaci N, Leszinski G, Dalay N, Holdenrieder S. Characterization of H3K9me3- and H4K20me3-associated circulating nucleosomal DNA by high-throughput sequencing in colorectal cancer. Tumour Biol. 2013 Feb;34(1):329-36. doi: 10.1007/s13277-012-0554-5. Epub 2012 Oct 20.

10- Ustek D, Sirma S, Gumus E, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Mathew J, Emrence Z, Azakli H, Cosan F, Cakar A, Parlak M, Kursun O. A genome-wide analysis of lentivector integration sites using targeted sequence capture and next generation sequencing technology. Infect Genet Evol. 2012 Oct;12(7):1349-54. doi: 10.1016/j.meegid.2012.05.001. Epub 2012 May 14.

11- Sogutcu E, Emrence Z, Arikan M, Cakiris A, Abaci N, Öner ET, Ustek D, Arga KY. Draft genome sequence of Halomonas smyrnensis AAD6T. J Bacteriol. 2012 Oct;194(20):5690-1.

12- Kara B, Arıkan M, Maraş H, Abacı N, Cakıris A, Ustek D. Whole mitochondrial genome analysis of a family with NARP/MILS caused by m.8993T>C mutation in the MT-ATP6 gene. Mol Genet Metab. 2012 Nov;107(3):389-93. doi: 10.1016/j.ymgme.2012.06.013. Epub 2012 Jul 10.

Ulusal hakemli dergilerdeki yayınlar;

1- Ustek D, Abaci N, Sirma S, Cakiris A. Yeni Nesil DNA Dizileme (New Generation DNA Sequencing).Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi, 1(1):11-18, 2011

2- Arıkan M, Çakiris A, Emrence Z, Çakar A, Paçal F, Abaci N, Sırma S, Üstek D. Hücre hatlarını oluşturmakta kulllanılan plazmidlerin integrasyon bölgelerinin tanımlanması. Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü Dergisi Cilt: 2, Sayı:3 (2012)Sayfa: 11-15

İletişim

Birim Sorumlusu:

Doç. Dr. Neslihan ABACI

neslihan.abaci@istanbul.edu.tr

Sorumlu Yardımcısı:

Dr. Aris ÇAKİRİS

acakiris@istanbul.edu.tr 

Tel: 0212 4142000-33316

Detaylı bilgi için web adresi : http://www.istanbul.edu.tr/ngslab

İstanbul Üniversitesi © 2017 All Rights Reserved