Birim ve Merkezler

Biyobanka Birimi

Son yıllarda genom teknolojileri alanındaki hızla gelişmeler sonucu biyobankalar biyoteknolojinin temel unsurları haline gelmiştir. Biyobankalar, standart kalitede biyomateryal ve ilişkili klinik ve genomik veriyi işleme potansiyeline sahip altyapılar olmalarının yanı sıra, yüksek çıktılı Ar-Ge çalışmalarına kaynak oluşturan, akademi ve özel sektörü bir araya getiren, ulusal ve uluslararası bağlantıları olan ekosistemlerdir.

Biyobankalar ile biyolojik örneklerin doğru zamanda doğru şekilde toplanması standardize edilebilmektedir. Periferik kan, plazma, serum, kandan izole edilen tek çekirdekli hücreler, solid doku, idrar, dışkı, tükürük, izole RNA ve DNA en yaygın biyolojik örnek türleri arasında sayılabilir. Bu örnekler farklı bireylere ait olabilir veya aynı bireyin farklı zamanlarda farklı biyolojik kaynaklarından toplanmış da olabilir. Biyobankalarda uygun koşullarda saklanan bu örnekler ile retrospektif çalışmalar yapılabilir. Örneğin bir bireyden değişik zamanlarda toplanan kan örneğinde hastalıkla ilişkili bir biyobelirtecin takibi yapılabilir ve bu zaman gruplarında bu bireyin saklanan klinik verisiyle sonuçlar bağdaştırılabilir. Biyobankayı bu noktada kişisel örnek koleksiyonlarından ayıran kilit unsurlar kalite güvencesi, ulaşılabilirlik, her örneğe ait veri (klinik, omik, demografik vb.) ve artan örnek sayısıdır. Özellikle nadir hastalık çalışmalarında ortak bir havuzda toplanan örnekler ve her bir örneğin ilişkili verisi ile istatistiksel olarak anlamlı sonuçlara ulaşılabilir.

Biyobankalar arası harmonizasyonun sağlanması ile farklı biyobankalar bir bütünün parçaları olmakta, uyum sorunu çözülerek tüm biyobankaların bir nevi aynı dili konuşması sağlanmaktadır. Benzer standartlarda korunan örnek ve verinin farklı biyobankalar arasında görünürlüğü ve gerekliyse yasal çerçevede paylaşılması sağlanarak örnek havuzu arttırılabilir.

Bir biyobanka kurgulanırken geleceğe yönelik projeksiyonlar yapılmalıdır. Zaman biyobankanın en önemli bileşenidir. Şu an depolanan örneğin belki 10 sene sonra kullanılacağı öngörülmeli, dolayısıyla örneğin işlenme ve saklama koşulları bu projeksiyona göre şekillenmelidir. Zamana karşı sürdürülebilirlik de önemlidir. Yüksek bir bütçe ile kurulan altyapının zaman içinde geliştirilmesi, bakımı, sarf malzemesinin karşılanmasını sürdürebilmek için kurumsal bir işletim modeli gerekmektedir. Aynı zamanda insana yatırım yapıp uzmanlaşacak personel için kaynak yaratmak gerekmektedir. Biyobankalarla birlikte kişisel verinin saklanması ve paylaşımı da gündeme gelmektedir. Dolayısıyla biyobanka uzmanlarının çözümlemeye çalıştığı konuların başında biyobankaların etik, soysal ve hukuksal boyutları önem kazanmaktadır.

Bir altyapının ötesinde konumlanan biyobankaların sürdürülebilirliği kompleks süreçlerle düzenlenmektedir. Bu doğrultuda, İstanbul Üniversitesi Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü tarafından (İÜ, Aziz Sancar DETAE) yürütülen ve İstanbul Kalkınma Ajansı tarafından desteklenen ‘Geleceğe Yatırım: BİYOBANKA’ adlı proje 2015 Eylül ayında hayata geçirilmiştir. Bu proje ile eş zamanlı olarak İÜ, Aziz Sancar DETAE bünyesinde bir Biyobanka Birimi kurulmuştur. Bu birimin faaliyetleri arasında ilişkili projelere destek vermek, ulusal ve uluslararası platformda bilgi birikimi sağlamak, eğitim ve araştırmaya destek sağlamaktır. Birim temsilcilerini aktif olarak yer aldığı projeler arasında yine İstanbul Kalkınma Ajansı Destekli İSTisNA - İStanbul Tanısız ve NAdir Hastalıklara Çözüm Platformu başlıklı bir fizibilite projesi (2018-2019) sayılabilir. İSTKA tarafından bu fizibilite projesinin güdümlüye çevrilmesi onaylanmış ve Eylül 2022’de Acıbadem Üniversitesi ile birlikte hayata geçirilmiştir. İSTisNA Projesinin amacı tanısız ve nadir hastalıklar gibi önemli bir dezavantajlı grubun tanı ve tedavisine yönelik çözümler üretmektir. Bu amaç doğrultusunda üniversite, sanayi, kamu kurumları ve sivil toplum kuruluşlarının iş birliği ile engelliliğin azaltılmasına veya artmasının önlenmesine yönelik “İSTisNA Platformu” kurulacaktır. İSTisNA, öncelikle fiziksel ve örgütsel olarak yapılanacak, araştırıcıların, sivil toplum kuruluşlarının ve nadir hastalıklar alanında çözüme yönelik bir fikri veya çözüm bekleyen bir sorunu olan herkesin yararlanabileceği bir ortam oluşturacaktır. İSTisNA özellikle tanı alamamış bireyler için bir konsey görevi üstlenip bu bireylerin tanı ve tedavi süreçlerine ulaşabilmelerini destekleyecektir. İSTKA tarafından iki sene süresince desteklenecek olan bu projenin Biyobanka Birimi koordinasyonunda sürdürülebilir bir yapıya dönüşmesi hedeflenmektedir. Biyobanka birimi üyeleri aynı zamanda biyobanka konusunda çeşitli proje, makale ve bildirilerle de uluslararası platformlarda paylaşım yapmaktadırlar.

Birim Sorumluları

Prof. Dr. Sibel Aylin Uğur İşeri

Prof. Dr. Müge Sayitoğlu




Biyobanka biriminden görüntüler


                                                              

İstanbul Üniversitesi Diyabet Uygulama ve Araştırma Merkezi (DİYAM)


Diyabet, hızlandırılmış ateroskleroza neden olan vasküler sistem hastalığıdır. Bu nedenle hemen tüm sistemlerde (kardiyovasküler sistem, renal sistem, oftalmolojik sistem, nörolojik sistem v.b.) bozukluğa neden olan bir multisistem hastalığıdır. Koroner kalp hastalıkları ve nörolojik hastalıkların bir numaralı hazırlayıcı nedenidir. Hemodiyalize giren her iki hastadan bir tanesi diyabetlidir. Avrupa’da yirmi yaş üstü körlük nedenleri arasında birinci sıradadır. Bu nedenle diyabet tıpta hemen tüm disiplinleri doğrudan ilgilendiren bir toplumsal sağlık sorunudur.

Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsünde Langerhans Adacık İzolasyon ve Transplantasyon çalışmalarının yürütüldüğü Metabolizma ve Diabet Araştırma ve Uygulama Birimi bulunmaktadır.

Ancak, diyabetle ilgili halen faaliyet gösteren herhangi bir Kök Hücre Araştırma ve Geliştirme, Moleküler ve Biyokimyasal Araştırmalar, İmmüno-Genetik Araştırma ve Deneysel Diyabetik Modeller Geliştirme bölümü bulunmamaktadır.

Bu nedenle, ülkemizde ciddi sağlık sorunu olan diyabetin, diyabete bağlı organ hasarlarını kontrol altına almak amacıyla moleküler ve genetik düzeyde çalışma ve araştırmalar yapmak, yeni tedavi programlarını yaşama geçirmek, Langerhans adacık transplantasyonu ve kök hücre çalışmalarını yürütmek; bu prensipler doğrultusunda konu ile ilgili tüm bilim alanlarını bir araya getirerek “Diyabet” konusunda gerek klinik gerekse temel bilimler alanında yapılan araştırmaların ve uygulamaların koordineli olarak yürütüldüğü, çok disiplinli bir mükemmeliyet merkezi oluşturmak ve geliştirilmesine katkıda bulunmak, araştırma projeleri oluşturmak ve hayata geçirmek için DETAE binasında doğrudan İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı Diyabet Uygulama ve Araştırma Merkezi (DİYAM) kurulmuştur.

Merkezin kuruluşunda temel katkısı olan Metabolizma ve Diabet Araştırma ve Uygulama Birimi’nde gerekli tüm alt yapıya sahip bir araştırma laboratuvarı (Temiz Oda) bulunmaktadır.

1990’lı yıllardan beri birçok kurs düzenleyerek deney hayvanlarından deneysel adacık izolasyon ve transplantasyon çalışmalarına öncülük etmiş olan kurumumuz, Türkiye’de insan pankreaslarından Langerhans adacık izolasyonları gerçekleştiren ilk kuruluş olma özelliğini taşımaktadır.

Merkezin faaliyet alanları aşağıda sıralanmıştır:

a- Diyabet alanında ulusal ve uluslararası kuruluşlarla her türlü bilimsel işbirliği, araştırma ve faaliyeti yürütebilecek bir genel alan oluşturmak; üniversitemizde konu ile uğraşan tüm birimleri kapsayan multidisipliner koordinasyon ve ortak çalışma disiplinini geliştirmek,

b- Diyabet alanında ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma projelerine organize bir çerçevede devam etmek ve saygın projeler üretmek, yürütmek, SCI (Science Citation Index) kapsamında yer alan dergilerde bilimsel yayınlara dönüştürmek, çeşitli bilimsel toplantılar düzenlemek, diyabet konusunda klinik ve temel bilimler alanında diğer özel ve kamu kurumlarıyla yönetim kurulunun kararları doğrultusunda nitelikli çalışmalar yapmak, çalışmalara partner olarak katılmak,

c- Deneysel ve klinik Langerhans adacık izolasyonu, kültürü ve transplantasyonu ile ilgili çalışmalar yapmak ve bu programı yaşama geçirmek,

d- Diyabetin radikal tedavisi amacıyla kök hücre laboratuvarı kurmak ve çalışmaları yürütmek,

e- Çok disiplinli bir mükemmeliyet merkezi için Uluslararası Diyabet Federasyonu (International Diabetes Federation-IDF), Uluslararası Pankreas ve Adacık Transplant Derneği (International Pancreas and Islet Transplant Association-IPITA), Avrupa Diyabet Derneği (European Association for the Study of Diabetes-EASD), EASD’nin Çalışma Gurubu (Artificial Insulin Delivery Pancreas and Islet Transplantation-AIDPIT) ile AIDPIT’un Çalışma Gurubu (European Diabetes Technology and Transplantation-EuDTT), Avrupa Organ Transplantasyon Derneği (European Society for Organ Transplantation-ESOT), Avrupa Pankreas ve Adacık Transplant Derneği (European Pancreas and Islet Transplant Association-EPITA) ve Avrupa Transplant Koordinatörleri Organizasyonu (European Transplant Coordinators Organisation-ETCO)’nun koşul olarak öne sürdüğü şartları tamamlamak ve diyabet alanında bu önemli kuruluşların mükemmeliyet merkezleri arasında yer almak, son teknolojik araç ve gerecin merkezimize kazandırılması için projelerden girdileri sağlamak,

f- Bu çalışmalara destek olmak üzere beta hücresi ve diğer Langerhans hücreleri ile ilgili moleküler ve biyokimyasal araştırma ve çalışmalar yapmak,

g- Tip 1 Diyabet immünogenetik etyopatogenezi araştırmak üzere beta hücre immünolojisi ve genetiği üzerine çalışmalar yapmak, projeler oluşturmak,

h- Deneysel diyabet modelleri geliştirmek üzere gerekli hayvan modelleri oluşturmak, bu modelleri standardize etmek ve bilimsel çalışmalar yürütmek,

i- Bu merkez bünyesinde çalışma alanları içinde ülkemizdeki tüm bu alanda çalışan kuruluşlara mezuniyet sonrası (post-graduel) bilimsel toplantılar düzenlemek, kurslar sağlamak.

DİYAM 2014 Faaliyetleri

 

PROJELER

01.02.2014-01.02.2017 arasında yürütülmek üzere TÜBİTAK proje çalışmalarına başlanmıştır:

Proje no: 113S029

Proje başlığı: Tip 1 diyabetin rejeneratif tedavisi: pankreatik beta-hücre prolifersyonuna yönelik yeni teknolojisi geliştirilmesi TÜBİTAK (INTEN-C) Projesi

Nisan ayında Giessen’de proje başlangıç toplantısı yapılmıştır.

Temmuz ayında Giessen’e öğrenci gönderilmiştir.

Her ay Giessen grubu ile Skype’den görüşme yapılmış, bilgi ve faaliyet paylaşımında bulunulmuştur. Bu sürecin proje bitimine kadar sürdürlmesine karar verilmiştir.

T.C. Sağlık Bakanlığı’nın izni çerçevesinde uygun kadavra donörlerden pankreas temin edilip immünolojik çalışmalar ve adacık izolasyonları yapılmış, proje çalışmalarının 1. dönem raporu TÜBİTAK’a sunulmuştur.

BİLİMSEL TOPLANTILAR

DETAE’de düzenlenen Deney Hayvanları Kullanım Kursları’nda kursiyerlere “Langerhans Adacık İzolasyon ve Transplantasyon Teknikleri” konusunda eğitim verilmiştir.
6. DETAE Günleri etkinliği çerçevesinde “Diyabette Organ ve Doku Transplantasyonu” başlıklı sunum yapılmıştır.
Türkiye Diyabet Vakfı ve Türk Diyabet Cemiyetinin birlikte düzenledikleri 50. Ulusal Diyabet Kongresi’nde, Türkiye Diyabet Vakfı / Sanofi Aventis işbirliği çerçevesinde verilen Bilimsel Proje Destek Ödüllerinde DETAE Moleküler Tıp Anabilim Dalı ile birlikte yürütülecek olan “Tip 1 Diyabet ve Pankreatik Kanser İlişkisindeki Biyobelirteçler: Aday Gen ve miRNA’lar” başlıklı projede birincilik ödülü alınmıştır.

YAYINLAR

  Ali Osman Gürol. Diyabette Organ ve Doku Transplantasyonu. 6. DETAE Günleri Kongre Kitabı, s 6.
Ali Osman Gurol . An immunologic approach to the pathogenesis of type 1 diabetes. Global J Pathol Microbiol 2014; 2: 47-52
Suzergoz, S. Cinar, R. Oktay, F. Karakus, A.O. Gurol. Effect of the Achillea wilhelmsii extract intake upon blood lipid profile, haematologic and immunologic parameters in the rat. Food Agric Immunol 2015; 26: 46-59.
 

İletişim:

E-posta: diyam@istanbul.edu.tr

Telefon : 0212 / 414 20 00 (dah: 33370)

Faks : 0212 / 532 41 71

Hücre Kültürü Laboratuvarı


Enstitü bünyesinde yer alan hücre kültürü laboratuvarı araştırmacıların projelerini yürütebileceği, ortak çalışma alanı olarak kullanılmak üzere donanımlı bir laboratuvar sağlamak amacıyla 2006 yılında kurulmuştur. Enstitü bünyesindeki araştırmacıların projeleri kapsamında insan ve hayvan hücre kültürü çalışmaları sürdürülmektedir.

Hücre kültürü laboratuvarı floresan faz kontrast, invert mikroskop, dijital kamera ve diğer cihazların bulunduğu görüntüleme alanı, hücre soylarının çalışıldığı alan ve primer hücre veya materyalin (doku, kan hücreleri vb) çalışıldığı alan olmak üzere üç bölümden oluşmaktadır. Bu bölümlerde 2 adet Class II tip steril kabin, 3 adet CO2 inkübatör, 1 adet hücre canlılığı analizatörü, 1 adet gerçek zamanlı hücre proliferasyonu ölçüm cihazı, 1 adet elektroporasyon ile transfeksiyon yapılmasını sağlayan cihaz, hipoksik koşullarda hücre kültürü yapılmasını sağlayan cihazlar, santrifüj, buzdolabı, derin dondurucu ve su banyosu bulunmaktadır. Ayrıca sıvı azot ünitesi geniş bir hücre soyu koleksiyonuna sahip olup, araştırmacıların hücre ihtiyaçlarını karşılamaktadır.

Hücre kültürü laboratuvarında çeşitli hücre soylarında ve primer hücre kültüründe plazmidlerle geçici transfeksiyon ve viral vektörlerle stabil transfeksiyon, siRNA, Crispr-Cas9 sistemi ile gen fonksiyonlarının araştırılması ve ilaç uygulamaları yapılarak hücre biyolojisi, proliferasyon, sitotoksisite, adezyon, hücre canlılığı, invazyon ve migrasyon, doku morfolojisi, protein üretimi, ilaçların hücre kültüründe klinik öncesi araştırması, hastalıkların moleküler mekanizmalarının aydınlatılması, kanser araştırmaları ve gen fonksiyonuyla ilgili çalışmalar sürdürülmektedir.

Birim Sorumluları

Prof. Dr. Sema Sırma Ekmekci

Doç. Dr. Yusuf Metin Gelmez


Hücre Kültürü Laboratuvarından görüntüler



Genom Bilimleri ve Biyoteknoloji Bölümü 

 Light Cycler (Roche) 

 Ultra Santrifuj (Beckman Coulter) 

 Individually Ventilated Cage (IVC, Techniplast) 

 Konfokal Lazer Taramalı Mikroskop (Leica TCS SPE)



İmmünohematoloji İleri Tanı ve İzlem Laboratuvar Hizmetleri Birimi
​

İmmünohematoloji İleri Tanı ve İzlem Laboratuvar Hizmetleri, Üniversitemizde sürdürülen araştırmaların yanı sıra diğer üniversiteler ve araştırma kurumları ile özel kurumların İmmünoloji, Hematoloji, İmmünohematoloji, Biyoteknoloji ve İlaç Araştırma/Farmasötik alanlarındaki AR-GE çalışmalarının güvenilir bir şekilde gerçekleştirilebileceği altyapıyı kullanıcıların hizmetine sunmak amacıyla Prof. Dr. Günnur Deniz başkanlığında 24 Ekim 2017 tarihinde kurulmuştur. Kuruluş amacına uygun olarak, immünohematolojik ve nadir hastalıklar kapsamında yeni tanımlanacak ileri laboratuvar uygulama ve araştırma çalışmalarını yürütmek veya yürütülmekte olan çalışmalara katılmaktadır. Kamuoyunda immünoloji ve hematoloji alanında tanısal yaklaşım ve tedavi izleminde güncel teknolojinin kullanımı hakkında farkındalık yaratmak, immünoloji ve hematoloji alanında tanısal yaklaşım ve tedavi izleminde eğitim, araştırma ve uygulama faaliyetlerini yaygınlaştırmak, yurt içi ve yurt dışı kurum ve kuruluşlarla iş birliğinde bulunarak hizmet vermektedir.

Seminer, konferans, çalıştay, kurs ve benzeri etkinlikler düzenlemek veya benzer etkinliklere katılmak diğer faaliyetleridir.

Sağlık alanındaki hizmetlerini İ.Ü. Aziz Sancar DETAE Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarı ile iş birliği çerçevesinde yürütmektedir. İlk yönetim kurulu toplantısı 15.01.2018 tarihinde Aziz Sancar DETAE çatısı altında gerçekleştirilmiştir.  

Multı̇pl mı̇yelomda kalıntı hastalık günü, 15 Aralık 2017 tarihinde İstanbulda düzenlenmiştir.


Rutin Hizmetler

Pediyatrik B hücreli akut lenfoblastik lösemi (ALL) ve T hücreli ALL tedavisi sürecinde 15, 33 ve 72. günlerde olmak üzere, 1 ve 2 yıl gibi uzun soluklu takiplerinde ölçülebilir kalıntı hastalık (measurable residual disease: MRD) çok renkli akan hücre ölçer ile sistemi yapılmaktadır.

Pediyatrik ALL flow MRD nedir, neden önemlidir?

iBFM Avusturya temsilcisi Prof. Michael Dworzak’ın (St. Anna Children's Hospital, Children's Cancer Research Institute, Viyana, Avusturya) onayıyla Türkiye’de 5 merkez pediyatrik B ALL 15. gün MRD değerlendirme yeteneği açısından “olgunluk sertifikası” almaya hak kazanmıştır.

iBFM klinik Türkiye koordinatörü Prof. Lebriz Yüksel Soycan tarafından MRD tayininin flow sitometri (akan hücre ölçer) ile saptanması önerisi sonucu, Aziz Sancar DETAE İmmünoloji AD öğretim üyesi Prof. Günnur Deniz Türkiye’de ilk kurulan (1989) flow sitometri-akan hücre ölçer sistemi ile çok sayıda proje yürütmesi ve bilgi birikimini 1995 yılından beri her sene “Uygulamalı Akan Hücre Ölçer Eğitimi” kursu aracılığıyla aktarmasından kaynaklanan deneyimini arkasına alarak Türkiye koordinatörü olmuştur. 

2009 yılında Viyanada Prof. Michael N. Dworzak (iBFM FLOW network coordinator) ve Angela Schumich (AIEOP-BFM supervisor) gözetiminde Doç. Suzan Adın Çınar ve Prof. Günnur Deniz tarafından alınan eğitimlere daha sonra uzaktan internet üzerinden de devam edilmiştir.

Günnur Deniz’in İstanbul Üniversitesi BAP destekli ÖNAP projesi ile başlatılan “Flow sitometri ile pediyatrik ALL MRD değerlendirme” çalışmalarına Prof. Lebriz Yüksel Soycan’ın organizasyonu ile İstanbul bölgesi BFM protokolü uygulayan hastanelerden çok sayıda örnek sağlanmış ve uzaktan eğitimler tamamlanarak, B-ALL 15. Gün, 30.08.2011, T-ALL 15. gün MRD ise 23. 08. 2013 tarihinde, bunu takiben 07.08.2018 tarihinde B-ALL rejenerasyon dönemleri (33/78 gün, yüksek risk ve nüks dönemlerinde MRD) için “olgunluk sertifikaları” alınmıştır.

BFM tedavi protokolü uygulayan/uygulamayan kliniklerin hasta takibi açısından çok önemli olan bu tanı testinin uygulanması için İstanbul dışındaki hastanelere (İzmir, Kocaeli, Konya, Ankara, Sakarya) hizmet verilmeye ve standardizasyon protokolü dahilinde her şehirde tek bir merkez seçilerek İstanbul dışında Flow MRD eğitimlerine başlanmıştır. Bursa, Ankara (Dışkapı) ile başlatılan eğitimleri Kocaeli, Van, İzmir, Gaziantep, Gazi Üniversitesi merkezleri izlemiş ve önce yüz yüze daha sonra ise uzaktan eğitimlerle devam edilmiştir.

Hastanın tedaviye yanıtının belirlendiği FCM MRD sonuçları hem hasta takibi hem de klinisyenler açısından büyük önem taşımaktadır. SUT kapsamında bu analizin yapılabilmesi için yeni kodlara ihtiyaç duyulmuş ve fiyatlandırma üzerinde çalışılması konusunda ilgili dernekler nezdinde girişimlerde bulunulmuştur.

Birim Sorumluları

Prof. Dr. Günnur Deniz

Prof. Dr. Suzan Çınar

Doç. Dr. Metin Yusuf Gelmez         


Laboratuvardan görüntüler



Tüm Genom Analiz Laboratuvarı

İstanbul Üniversitesi Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü bünyesinde 2008 yılında kurulan Tüm Genom Analiz Laboratuvarı Türkiye’deki ilk yeni nesil dizileme laboratuvarı olma özelliğine sahiptir. 2009 yılından itibaren yeni nesil dizileme ile ilgili çalışmalara başlanmıştır. Çalışmalara ilk yıllarda GS FLX 454 cihazı ile, sonraki dönemde ise kısa süreliğine laboratuvara kurulan İon Torrent cihazı ile devam edilmiştir. 2021 yılında, Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanlığı ve Strateji ve Bütçe Başkanlığı tarafından desteklenen NöroDİAB projesi kapsamında Illumina NextSeq 550 cihazı kurulumu yapılmıştır. Laboratuvar olanakları arasında Agilent 2100 Bioanalyzer Sistemi de bulunmaktadır.

Yeni nesil dizileme pyrosequencing temelli bir dizileme yöntemidir. Bu yöntem klasik dizilemeden farklı olarak bir bölgenin eşzamanlı derinlemesine dizilemesidir. Bu yöntemde maliyet azalmakta ve süre kısalmaktadır. Bu sayede klasik dizileme yöntemlerinde belirlenemeyen düşük yüzdeli farklı dizileri belirlemek mümkündür. Yeni nesil dizileme sayesinde bir canlının genomunun tamamı kısa sürede ve daha ucuza dizilenebilmektedir. Bu yöntemle metagenomik, transkriptom, farklı organizmaların genomu gibi hayli karmaşık çalışmaların yanı sıra ekzom dizileme, mitokondriyal DNA’nın (mtDNA) dizilenmesi gibi çalışmaların yapılması mümkündür. Ayrıca yeni nesil dizileme ile genetik/epigenetik düzenleyici ağlar, kromatin yapısı, nükleer yapılanma ve genom varyasyonları hakkında bilgi edinmek mümkün olmuştur.

İlk olarak Hepatit B ve Hepatit C virüsü genomları dizilenmiş, bunu çeşitli hastalıklarda mtDNA dizileme çalışmaları takip etmiştir; kefir bünyesindeki mikrobiyal çeşitliği gösteren metagenomik çalışması, periferik kanda çıplak DNA dizilemesi yapılan araştırmalar arasındadır. Multiple miyelom hastalığında rol oynayan genleri belirlemek için RNA dizileme-transkriptom çalışması ayrıca Halomonas bakterisi DNA’sı dizilenerek bu türün genom haritası çıkartılmıştır. Konjenital kalp defektlerinde mtDNA dizilemesi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca yeni teknolojilerden kromatin immünopresipitasyon dizileme (ChIP) yöntemi de yapılan araştırmalar arasındadır. Tanımlanamayan kalıtsal otoenflamatuvar hastalıklarda patogenezle ilgili aday genlerin belirlenmesi için ekzom dizileme, Marmara ve Ege Denizi’nde yaşayan bazı yengeç türlerinin filogenetik yapısının belirlenmesi ve çürük dişe sahip bireylerde mikrobiyom çalışmaları gerçekleştirilmiştir.

Prof. Dr. Neslihan ABACI sorumluluğunda “Ailevi Akdeniz ateşi hastalarında MEFV geni UTR varyasyonlarının dizilemesi”, “Tip 2 diyabetli COVID19 geçiren hastalarda klinik ekzom dizilemesi” ve “Glial tümörlerde DNA metilasyon analizi ve genetik varyasyonların belirlenmesi” projeleri yürütülmektedir. Bu çalışmaları takiben “Anti-nöronal antikor ilişkili otoimmün epilepside “single cell RNA sequencing” ve “İnsan meme kanseri hücre hatlarında DHRS2 geninin etkilerinin belirlenmesi için transkriptom verilerinin analizi” çalışmaları devam etmektedir.

Birim Sorumluları

Prof. Dr. Neslihan ABACI

Dr. Aris ÇAKİRİS


Tüm Genom Analiz Laboratuvarından Görüntüler





Tüberkilöz Moleküler Epidemiyolojisi Laboratuvarı

İstanbul Üniversitesi Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü bünyesinde kurulan Tüberküloz Moleküler Epidemiyolojisi Laboratuvarı, temel olarak İstanbul ili ve çevresinde tüberküloz bulaş dinamiklerinin ortaya çıkarılması, tüberküloz salgınlarının izlenmesi, Ulusal Tüberküloz Kontrol Programı’nın etkinliğinin değerlendirilmesini amaçlamaktadır. Bölgemizde dirençli tüberküloz suşlarının oranının tespit edilmesi ve mikobakteri suşlarının türlere göre dağılımının saptanması da laboratuvarımızın temel amaçları arasındadır. Klinik TB tanı laboratuvarlarında kullanılabilecek yeni yöntemler geliştirmek, geliştirilmiş yöntemlerin eksikliklerinin ortaya konulup düzeltilmesi diğer araştırma konularıdır. Bu amaçları yerine getirebilmek amacıyla belirtilen testler rutin olarak yapılmakta ve klinisyenlerin hizmetine sunulmaktadır.

İstanbul Üniversitesi Rektörlüğü ve İstanbul Verem Savaşı Derneği arasında 2009 yılında düzenlenen protokolle İstanbul Verem Savaşı Derneği Üst Seviye Laboratuvarı olarak görev yapmakta, ulusal tüberküloz kontrol programına katkı sağlamaktadır.

Faaliyetler

1. Türkiye’de ilk kez Pekin Genotipi tüberküloz suşlarının varlığı gösterilmiştir.

2. Dört adet yeni mikobakteri türü tanımlanmış, bunlardan bir tanesi (Mycobacterium celeriflavum) yeni tür olarak onaylanmış, diğer üç tanesi onay beklemektedir.

3. ARB (+) örneklerde hızlı M. tuberculosis complex tanısı koyan ve rifampisin direnci saptayan bir kit geliştirilmiş ve İstanbul Verem Savaşı Derneği Merkez Laboratuvarından gönderilen örneklerde rutin olarak kullanılmaktadır.

4. QuantiFERON Gold Plus testi ile aynı antigenleri (ESAT6 ve CFP10) kullanan eşdeğeri geliştirilerek rutin uygulamalarda kullanıma girmiştir.  


RUTİN Testler

1. Aside Dirençli Basil Bakisi

2. Tüberküloz Kültürü

3. Mikobakteri İdentifikasyonu (hsp65PRA, Sanger dizilendirmesi)

4. M. tuberculosis Kompleks Içi Identifikasyon (spoligotyping, RD PCR9

5. Tüberküloz Direnç Testleri (MGIT 960 ve Sensititer MIC Microbroth Dilüzyon Yöntemleri)

6. Nontüberküloz Mikobakteriler İçin Direnç Testleri (MIC Microbroth Dilüzyon Yöntemleri)

7. Moleküler Epidemiyolojik / Filogenetik Analiz Testleri (MIRU-VNTR ve spoligotyping)

2024 yılından itibaren long read NGS yöntemine geçilmesi kararı alınmış, çalışmalar başlatılmıştır


Birim Sorumlusu

Doç. Dr. Orhan Kaya Köksalan

Laboratuvardan görüntüler







Projeler

Tanı prosedürleri:

  • Majör ve minör ilaç diren test yöntemlerinin karşılaştırılması
  • LPA yöntemine alternatif hızlı moleküler RIF/INH direnç testlerinin kullanıma alınması
  • İlaç direnç testlerinde MGIT960 cihazının doğruluğu

 

Epidemiyolojik çalışmalar:

  • İstanbul Verem Savaş Dispanserlerinde ve DETAE’de kültür pozitif bulunan tüm M. tuberculosis suşları
  • LAM7 ve Pekin genotiplerinin yıllar içindeki dağılımı
  • İstanbul’da kontrol programı değerlendirmesi

 

Diğer çalışmalar

  • Yeni tanımlanmış türlerin hsp65 PCRREA yöntemiyle identifikasyonu




İlave Kaynaklar
  • Istanbul Universitesi Bilimsel Araştırma Proje Birimi
  • TUBİTAK




Hizmetler / Tetkikler

Mikroskopi:

Aside dirençli basillerin Ziehl-Neelsen-, Kinyoun-, ve Auramin-boyama yöntemleriyle hızlı tanısı

 

Kültür:

Tüm klinik örneklerden sıvı (MGIT 960)  ve katı (Löwenstein-Jensen, Middlebrook 7H10)  besiyerleri kullanılarak mikobakteri kültürü yapılır, inkübasyon süresi altı haftadır.

 

Mikobakteri türü düzeyinde isimlendirme ve ayrım:

Mikobakterilerin tür düzeyinde ayrımı katı veya sıvı besiyerinde üremiş izolatlara yapılmaktadır. Kullanılan yöntemler hsp65 PCRREA, spesifik gen bölgelerinin (16S rDNA, ITS, hsp65) dizi analizi ve spoligotyping’dir. Laboratuvarımızda sadece extrapulmoner yayma(+) örnekler direkt olarak  identifikasyona alınır, aksi takdirde direkt örneklerden identifikasyon testi yapılmamaktadır

 

 

Susceptibilty testing of first- and second line drugs:

İlaç direnç testi  MGIT 960 sistemi ve microbroth MIC dilution assay kullanılarak yapılmaktadır.
Hızlı moleküler RIF/INH direnç testleri microbead hybridization assay ve/veya LPA ile yapılmaktadır.

 

Epidemiological techniques:

Laboratuvar içi kros-kontaminasyonların saptanması için her üreyen suşa spoligotyping yapılmaktadır. Bulaşların konfirmasyonu amacıyla spoligotyping ve MIRU-VNTR analizi birlikte kullanılmaktadır.





Yayınlar




Ekip

Doç Dr Orhan Kaya Köksalan

Tel:0212 4142000/33345

Fax:0212 5324171

E-mail: okkoksalan@hotmail.com

okoksalan@istanbul.edu.tr

Güneş Cengiz

Tel:0212 4142000/33346-8

Fax:0212 5324171

E-mail: guneszanlier80@hotmail.com

Yasemin Karagöz

Tel:0212 4142000/33346-8

Fax:0212 5324171

jasmine_karagoz@hotmail.com